Los primeros asentamientos penales de Sydney se quedaron pronto sin alimentos, ya que las costas de Botany Bay eran demasiado arenosas para la agricultura. En 1789, el capitán Arthur Phillip navegó hacia el norte hasta Broken Bay y avistó la desembocadura de un río al que Phillip llamó Hawkesbury en honor a Lord Hawkesbury. Viajó a la zona que había adoptado el nombre de "Green Hills" (ahora conocida como Windsor), donde observó tierras cultivables ideales para el cultivo de frutas y verduras, y para el pastoreo del ganado.

En 1794, 22 familias cultivaban la zona, y constantemente llegaban más. En aquella época, gran parte del transporte se realizaba por vía fluvial. Cuando el gobernador Lachlan Macquarie llegó a Sydney en 1810, parte de su misión consistía en evitar nuevas pérdidas de reservas de alimentos, edificios y posesiones causadas por las inundaciones que habían asolado el Hawkesbury desde 1794. Macquarie dio alta prioridad a estas instrucciones y estableció municipios en las tierras altas de varias partes del distrito. En la actualidad se conservan numerosos edificios de gran valor del siglo XIX, que permiten hacerse una idea de los primeros tiempos de la colonización europea.

En 1802, un grupo de colonos libres llegó a Coromandel y se asentó en tierras concedidas a lo largo del río Hawkesbury, en la zona conocida como Portland Head. Estas familias - Davison, Hall, Howe, Johnston, Johnstone, Mein, Stubbs y Turnbull - llegaron a la nueva colonia con la petición de asentarse juntas.

La localidad de Ebenezer toma su nombre de la iglesia (Ebenezer Church), aunque la zona se conocía originalmente como Portland Head.

En la actualidad, Ebenezer es un pequeño pueblo que puede presumir de tener la iglesia presbiteriana en pie más antigua y el edificio escolar más antiguo que existe en Australia.