I primi insediamenti penali di Sydney rimasero presto senza cibo perché le coste intorno a Botany Bay erano troppo sabbiose per sostenere l'agricoltura. Nel 1789 il capitano Arthur Phillip navigò a nord di Broken Bay e avvistò la foce di un fiume che Phillip chiamò Hawkesbury River in onore di Lord Hawkesbury. Si recò nella zona che aveva preso il nome di "Green Hills" (oggi nota come Windsor), dove notò terreni coltivabili ideali per la coltivazione di frutta e verdura e per il pascolo del bestiame.

Nel 1794, 22 famiglie coltivavano l'area e ne arrivavano sempre di più. A quel tempo, gran parte dei trasporti avveniva via fiume. Quando il governatore Lachlan Macquarie arrivò a Sydney nel 1810, parte del suo compito era quello di prevenire ulteriori perdite di scorte alimentari, edifici e beni causate dalle inondazioni che avevano afflitto l'Hawkesbury dal 1794. Macquarie diede a queste istruzioni la massima priorità e stabilì delle township sulle alture in varie parti del distretto. Oggi sopravvivono ancora molti edifici di pregio risalenti al XIX secolo, che offrono un'idea della prima colonizzazione europea.

Nel 1802 un gruppo di coloni liberi arrivò sul Coromandel e si insediò in concessioni di terra lungo il fiume Hawkesbury, nella zona nota come Portland Head. Queste famiglie - Davison, Hall, Howe, Johnston, Johnstone, Mein, Stubbs e Turnbull - arrivarono nella nuova colonia con la richiesta di stabilirsi insieme.

La località di Ebenezer prende il nome dalla chiesa (Ebenezer Church), anche se l'area era originariamente conosciuta come Portland Head.

Oggi Ebenezer è un piccolo villaggio che può vantare la più antica chiesa presbiteriana in piedi e il più antico edificio scolastico esistente in Australia.